Oom Dagobert onderzoekt in de haven van Duckstad een stel koffers die hij voor duizend gulden gekocht heeft. Ze bevatten de archieven van een oude Hollandse scheepvaartmaatschappij en hij hoopt aanwijzingen te vinden voor verloren gegane ladingen of nooit geïnde leningen. Hij ontdekt dat het schip de Flyghende Hollander in 1659 met een lading goudstaven verdwenen is ten zuiden van Madagaskar. Het schip is nadien nog vaker gezien bij Kaap de goede Hoop. Als het schip gezien werd, woedde er altijd een storm en het schip voer altijd tegen de wind in. Oom Dagobert laat een schip bouwen dat een combinatie is van een baggerschuit, inspectievaartuig en bibliotheek en neemt Donald en Kwik, Kwek en Kwak mee naar Zuid-Afrika om het schip te zoeken. Tijdens de vaart is Donald veel aan het vissen maar Oom Dagobert wil dat hij daarmee ophoudt. Kwik, Kwek en Kwak weten dat ze de naam Flyghende Hollander ergens van kennen maar weten niet meer waarvan. Oom Dagobert heeft alle plekken waar de Flyghende Hollander ooit gezien is op een doorzichtige kaart gezet samen met de vaarrichting. Zo kunnen ze bepalen waar het schip vandaan zou hebben moeten komen. Maar als ze even de lamp bijstellen om de kaart beter te kunnen zien, gooit Donald weer een vishengel uit. Met het haakje raakt hij de kaart waardoor die ondersteboven komt te liggen. Kwik, Kwek en Kwak en Oom Dagobert leggen de doorzichtige kaart op een echte kaart en weten zo waar het schip nu zou moeten liggen. Zo komen ze bij een druk strand in Zuid-Afrika en Oom Dagobert begint in de nacht naar wrakken te dreggen. Maar hij haalt de hoofdelektriciteitskabel van de Afrikaanse kustverdediging boven water. De marine komt boos aan boord en Oom Dagobert vertelt dat ze de Flyghende Hollander zoeken. De marine vraagt wat ze daar dan doen want ze kunnen beter in de lucht zoeken. Oom Dagobert toont dat zijn boot ook een raceboot is door heel snel weg te varen. De marine valt door de schok overboord en ze ontsnappen. Ze komen echter wel in een storm terecht. Terwijl Kwik, Kwek en Kwak zich afvragen waarom de kustwacht zei dat ze de Flyghende Hollander in de lucht zouden moeten zoeken, zien ze het schip in een wolk hangen en zo beseft Oom Dagobert dat hij op zoek is naar de legende van het spookschip de Vliegende Hollander. Donald en Oom Dagobert beseffen dat de Flyghende Hollander een voorteken van rampspoed is. Kwik, Kwek en Kwak ontdekken dat de kaart ondersteboven terechtgekomen is en ze draaien hem om. Ze zien dat het schip in werkelijkheid op een eilandje in Antarctica zou moeten liggen. Eigenlijk wil Oom Dagobert er niet meer heen maar Kwik, Kwek en Kwak halen hem over door te zeggen dat ze waarschijnlijk alleen een luchtspiegeling van de Vliegende Hollander gezien hebben. Donald is weer aan het vissen en vangt een zwaardvis. Hij trekt de vis aan boord maar het zwaard van de vis maakt het kompas stuk. Ze komen in de mist en het wordt windstil. Omdat het eten opraakt, mag Donald van Oom Dagobert toch vissen maar de vissen bijten niet meer. Het wordt vreselijk koud en de bliksem slaat in en maakt het roer stuk. Dat betekent dat het weer gaat stormen en ze zien de Vliegende Hollander nogmaals. Ze dobberen roerloos rond maar de stroming drijft hen richting het punt waar de Vliegende Hollander zou moeten liggen. Ze komen bij een enorme ijsberg waar het schip in bevroren is. De luchtspiegelingen worden veroorzaakt door het fosforescerende zuiderlicht en de ijsberg. Met de happer die aan boord is hakken ze een gat in de ijsberg. Ze vinden het logboek waarin staat dat de bemanning het schip verlaten heeft omdat er een ziekte uitgebroken was en dat het schip met de stroming naar het zuiden getrokken werd. In de afgelopen eeuwen is het helemaal ondergeijzeld en het pakijs heeft het schip omhoog gestuwd. Ze vinden een berg goudstaven en Kwik, Kwek en Kwak vinden een roer en een kompas. Donald neemt een hutje mee van waaruit hij op hun schip kan vissen. Als ze weggaan, zien ze dat de ijsberg zich in de richting van de wind draait waardoor het lijkt alsof de luchtspiegeling altijd tegen de wind in vaart. Donald vangt weer een zwaardvis en deze keer doorboort de vis zijn hutje.
